單細胞蛋白分析：樣本制備標準流程與注意事項檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

隨著單細胞組學(xué)的快速發(fā)展，單細胞dànbáizhì組學(xué)（Single-Cell Proteomics, SCP）逐步從方法驗證邁向規(guī)?；瘧?yīng)用階段，成為揭示細胞功能狀態(tài)、群體異質(zhì)性和微環(huán)境相互作用的核心技術(shù)之一。SCP直接從功能層面探測細胞狀態(tài)，其研究價值在腫瘤、免疫、干細胞和神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域日益凸顯。但SCP實驗的技術(shù)門檻jígāo，尤其在樣本制備這一環(huán)節(jié)，每一步操作都直接影響蛋白的回收率、酶解效率和zuì終質(zhì)譜數(shù)據(jù)的質(zhì)量。

一、單細胞蛋白分析樣本制備標準流程

單細胞蛋白分析的制備流程包括五個主要階段：單細胞分選、細胞裂解、蛋白酶解、肽段純化/標記、上樣與質(zhì)譜檢測。每一階段需高度規(guī)范、避免誤差累積。

1、單細胞分選（Single-Cell Isolation）

目的是從混合樣本中分離出目標單細胞，確保每個反應(yīng)體系中只有一個完整的活細胞。常用技術(shù)包括：

• FACS（熒光激活細胞分選）：利用表面標志物實現(xiàn)高純度分選，適合多通道標記篩選。

• 微流控芯片：適合自動化、高通量實驗，操作環(huán)境封閉，污染風(fēng)險低。

• 稀釋法或顯微操控：操作靈活，適合特殊細胞，但通量有限。

2、細胞裂解與蛋白提取（Lysis & Extraction）

使用質(zhì)譜兼容的緩沖液（如不含SDS的緩沖液），在低體積反應(yīng)環(huán)境中裂解細胞，釋放dànbáizhì。裂解方式可選擇：

• 熱裂解：高溫破膜，簡潔有效。

• 化學(xué)裂解：使用溫和去污劑輔助裂解。

• 微量機械裂解：配合超聲或冷凍-解凍。

3、蛋白還原、烷基化與酶解（Reduction, Alkylation & Digestion）

• 還原劑（如TCEP/DTT）斷開二硫鍵；

• 烷基化劑（如IAA/CAA）封閉巰基，防止重組；

• 加入yídànbáiméi（Trypsin）或Lys-C，在37°C條件下完成長時間酶解（通常6–16小時）。

推薦使用如nanoPOTS、SP3法等自動化微反應(yīng)體系。

4、肽段純化與標記（Peptide Cleanup & Labeling）

• 采用C18磁珠、StageTip或微柱進行脫鹽，去除酶解緩沖液中的雜質(zhì)。

• 根據(jù)實驗設(shè)計可進行TMT/iTRAQ等標簽標記，實現(xiàn)多樣本并行檢測與定量。

5、上樣與質(zhì)譜分析（LC-MS/MS Injection）

• 使用納升液相色譜（nanoLC）系統(tǒng)與高靈敏度質(zhì)譜儀（如Orbitrap、timsTOF SCP）；

• 采集模式可選DDA、DIA、BoxCar-MS等，提升低豐度肽段識別能力；

• 低體積、高分辨率分析，實現(xiàn)單細胞分辨率的dànbáizhì定量。

二、樣本制備過程中的關(guān)鍵注意事項

即使遵循標準流程，若忽視以下細節(jié)，也極易導(dǎo)致蛋白損失、數(shù)據(jù)偏差甚至實驗失?。?/p>

1、污染控制與背景干擾

• 全程使用無酶、無蛋白耗材，如低吸附管（LoBind管）、無蛋白移液槍頭；

• 操作環(huán)境應(yīng)為潔凈區(qū)或?qū)恿髋_，減少空氣中蛋白、酶等污染源；

• 設(shè)置“空白孔"作為背景對照，識別環(huán)境噪聲信號。

2、蛋白丟失與吸附問題

樣本體積越小，越容易因吸附而造成蛋白/肽段損失。建議使用親水處理的微孔板、硅化處理管壁，降低吸附；可使用磁珠（SP3）策略提高蛋白和肽段的回收率。

3、酶解效率與反應(yīng)條件

• 控制pH在7.5–8.5，確保yídànbáiméi在zuì適條件下工作；

• jīngzhǔn控制溫度與反應(yīng)時間，酶解不足或過度均會影響數(shù)據(jù)；

• 推薦設(shè)置反應(yīng)內(nèi)標準，監(jiān)控酶解一致性。

4、批次效應(yīng)與通量控制

• 多個單細胞樣本之間應(yīng)同時處理，避免批次差異；

• 引入TMT-bridge或“載體通道"策略做跨批次標準化；

• 樣本編號與位置應(yīng)記錄清晰，避免信息混淆。

5、低豐度蛋白識別與數(shù)據(jù)缺失

• 使用DIA/BoxCar采集策略增加低豐度蛋白識別率；

• 數(shù)據(jù)分析中應(yīng)用缺失值*、強度歸一化等算法（如MaxLFQ、DART-ID）；

• 選擇合適質(zhì)譜參數(shù)與搜索庫，避免過度過濾導(dǎo)致信息丟失。

單細胞蛋白分析是構(gòu)建“功能組學(xué)圖譜"的關(guān)鍵手段，而樣本制備正是其數(shù)據(jù)質(zhì)量的dìyī道門檻。通過標準化流程與嚴格細節(jié)控制，可以有效提高蛋白識別覆蓋率、增強實驗可重復(fù)性，并為后續(xù)多組學(xué)整合分析打下堅實基礎(chǔ)。作為專注于高通量組學(xué)技術(shù)的科研服務(wù)提供者，百泰派克生物科技始終緊跟單細胞dànbáizhì組學(xué)技術(shù)前沿，致力于為科研人員提供可靠、zhuānyè的單細胞dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。我們期待與您攜手挖掘微觀世界的蛋白奧秘，共同拓展生命科學(xué)研究的邊界。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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