de novo蛋白質(zhì)測序: 基本概念與應(yīng)用檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

蛋白質(zhì)de novo測序（從頭測序）是指不依賴已知的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，直接確定蛋白質(zhì)的氨基酸序列。與其他一些分析方法依賴于已知的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫或已知的質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫不同，。該方法開發(fā)的軟件包括PepNovo、PEAKS和pNovo。從頭測序利用串聯(lián)質(zhì)譜根據(jù)肽的碎片特征進(jìn)行直接分析。因此，蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中未包含的肽序列、新物種的蛋白質(zhì)序列以及基因組尚未測序的蛋白質(zhì)序列都可以被分析

圖 1. 通過質(zhì)譜法進(jìn)行肽從頭測序的過程

從頭測序的基本原理

在質(zhì)譜分析中，待分析物質(zhì)的顆粒在通過電磁場之前首先被電離。由于。在使用串聯(lián)質(zhì)譜進(jìn)行肽鑒定的過程中，肽從頭測序可以直接從二級圖譜中推斷出zuì可能的肽序列。找到特定的斷裂模式后，可以根據(jù)質(zhì)譜峰與氨基酸翻譯后修飾之間的質(zhì)量差計算出相應(yīng)的氨基酸信息。不同質(zhì)荷比的離子在電磁場中受到的力不同，其運(yùn)動軌跡和飛行時間等能夠分離和檢測離子的特征也不同

從頭測序應(yīng)用

• 生物樣品中未知肽序列的分析和檢測、

• 末端殘基缺失的肽的檢測、

• 賴氨酸和liàngānsuān的鑒定

• N端封閉和環(huán)狀蛋白質(zhì)的鑒定

• 準(zhǔn)確測定未知蛋白質(zhì)或肽的序列信息以方便分析

• 未知蛋白的功能研究

• 商業(yè)修飾蛋白和酶序列的準(zhǔn)確測定

• 穩(wěn)定細(xì)胞系中表達(dá)的蛋白序列的準(zhǔn)確測定

• 抗體一級結(jié)構(gòu)序列的單克隆分析等

de novo蛋白質(zhì)測序比依賴數(shù)據(jù)庫的測序方法更為復(fù)雜和挑戰(zhàn)性。短的多肽片段相對容易測序，但隨著片段長度的增加，可能的氨基酸組合呈指數(shù)增長，從而增加了解析的復(fù)雜性。

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