凝膠電泳被廣泛用于分子生物學、遺傳學和生物化學：

⒈大的DNA或者RNA分子通常利用瓊脂糖凝膠電泳（agarose gel electrophoresis）分離，也可以使用聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）。

⒉蛋白質的凝膠電泳通常在加入十二烷基硫酸鈉的聚丙烯酰胺凝膠中進行（SDS-PAGE），或者非變性凝膠電泳，或二維電泳。

3.毛細管電泳

⒋酶譜法（zymography）

⒌變性梯度膠凝電泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）

瓊脂糖和聚丙烯酰胺可以制成各種形狀、大小和孔隙度。瓊脂糖凝膠分離DNA片度大小范圍較廣，不同濃度瓊脂糖凝膠可分離長度從200bp至近50kb的DNA。瓊脂糖通常用水平裝置在強度和方向恒定的電場下電泳。聚丙烯酰胺分離小片段DNA（5-500bp）效果較好，其分辯力，甚至相差1bp的DNA就能分開。聚丙烯酰胺凝膠電泳很快，可容納相對大量的DNA，但制備和操作比瓊脂糖凝膠困難。聚丙烯酰胺凝膠采用垂直裝置進行電泳。目前，一般實驗室多用瓊脂糖水平平板凝膠電泳裝置進行DNA電泳。