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微生物鑒定及藥敏測試系統(tǒng)依據(jù)表型特征的表達來區(qū)分不同微生物間的差異，是經典的微生物分類鑒定法，以微生物細胞的形態(tài)和習性表型為主要指標，通過比較微生物的菌落形態(tài)、理化特征和特征化學成分與典型微生物的差異進行鑒別。
微生物鑒定及藥敏測試系統(tǒng)的基本程序包括分離純化和鑒定，鑒定時一般先將待檢菌進行初步的分類。鑒定的方法有表型微生物鑒定和基因型微生物鑒定，根據(jù)所需要達到的鑒定水平選擇鑒定方法。目前實驗室室進行表型微生物鑒定后可以用API試劑條進行或其他等效的試劑條進行菌種鑒定，如API試劑條鑒定不能滿足要求時采取委外鑒定。
微生物檢驗過程中檢出的微生物應該進行微生物鑒定，雖然藥典里明確了鑒定到什么水平的標準和一些基礎內容操作方法。但是因為實驗室能力有限，很多實驗室要么稀里糊涂的要么委外。其實我們一般微生物實驗室自己還是可以做一些工作，特別是細菌的鑒定。再就是菌種鑒定時，不是直接拿來就鑒定，需要一些預先做一些處理或判斷。
微生物鑒定先要待檢培養(yǎng)物的分離純化，常用的分離純化方法是挑去待檢菌的純培養(yǎng)物（單個菌落），必要時可進一步進行純培養(yǎng)，為表型鑒定和隨后的鑒定程序提供足夠量的菌體。
從藥物原材料、制藥用水、生產環(huán)境、中間產品和產品的樣品中檢出的受損微生物，經分離純化程序使其由不利生存易產生變化的狀態(tài)變?yōu)樵跔I養(yǎng)富集和適合的培養(yǎng)溫度條件下生存的穩(wěn)定狀態(tài)，以保證鑒定結果的準確性
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