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基因組測序利用新一代高通量測序技術以特定環(huán)境下微生物群體基因組為研究對象，在分析微生物多樣性、種群結(jié)構、進化關系的基礎上，可進一步探究微生物群體功能活性、相互協(xié)作關系及與環(huán)境之間的關系，發(fā)掘潛在的生物學意義。與傳統(tǒng)微生物研究方法相比，本測序技術規(guī)避了絕大部分微生物不能培養(yǎng)、痕量菌無法檢測的缺點，因此近年來在環(huán)境微生物學研究中得到了廣泛應用。
基因組測序應用領域有：
1.醫(yī)學領域：代謝病研究、腫瘤癌癥研究等。
2.畜牧領域：腸道、瘤胃(如產(chǎn)甲烷菌類群)與動物健康/營養(yǎng)消化研究等。
3.農(nóng)業(yè)領域：根據(jù)微生物與植物互作、農(nóng)業(yè)耕作/施肥處理與土壤微生物群落研究等。
4.環(huán)境領域：霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環(huán)境研究等。
5.生物能源：特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的開發(fā)研究。
基因組測序的從頭測序是指不需要任何現(xiàn)有的序列信息就可以對某個細菌物種進行測序，利用生物信息學分析手段對序列進行拼裝，從而獲得該細菌物種的基因組序列。并可基于細菌基因組完成圖開展基因功能注釋、比較基因組學及泛基因組研究。
測序設備的樣品制備和測序操作都可通過配件自動完成，配備了無線射頻識別的樣本追蹤系統(tǒng)，可監(jiān)控并記錄實驗全流程，結(jié)合其簡潔的觸控式操作界面，可真正實現(xiàn)一鍵測序。對于臨床使用，可以通過其內(nèi)置的應用軟件直接生成分析報告，從DNA樣本到數(shù)據(jù)分析結(jié)果的全過程最快可在二十四小時內(nèi)完成。
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