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由于渦輪分子泵的種類和型號是多種多樣的，每種泵的操作方式由制造廠家提供，渦輪分子泵的操作簡單、便宜的方法是同時啟動渦輪分子泵和前級泵，當渦輪分子泵加速到正常轉(zhuǎn)速時，同時也預抽完了該系統(tǒng)，在此初始高壓強預抽階段，油蒸汽的返流是不可能的。因為這時系統(tǒng)內(nèi)氣體處于粘滯流或?qū)恿鳡顟B(tài)，排出氣體的密度大，可阻擋任何碳氫化合物的分子向渦輪分子泵方向返流。當達到分子流態(tài)時，渦輪分子泵已進入正常速度運轉(zhuǎn)，在泵高壓縮比的情況下運轉(zhuǎn)時，就可防止了油蒸汽的返流。
渦輪分子泵的前級泵由一個電紐開關(guān)控制，兩泵可同時啟動和停車。
在某些快速循環(huán)的系統(tǒng)中，也沒有足夠的時間，使渦輪分子泵在每一個循環(huán)周期內(nèi)，由于時間短來不及達到正常的運轉(zhuǎn)速度。在這種情況下，就不能隨工作循環(huán)去周期性地開啟渦輪分子泵。此時渦輪分子泵就不得不連續(xù)的運轉(zhuǎn)，前級泵粗抽真空室，很快就能達到渦輪分子泵的啟動壓力，就可以很快打開主閥，渦輪分子泵可以在相對高的壓力下工作（節(jié)約了時間）也可使粗抽管道返流降到更低程度。
如果系統(tǒng)需要有粗抽管道，操作不當也有可能出現(xiàn)返流問題，若是將系統(tǒng)粗抽到太低的壓力，粗抽管道內(nèi)就會出現(xiàn)分子流態(tài)。則粗抽泵的油蒸汽就有可能返流到真空室。當壓力低于100～200 μmHg（13.33～26.66Pa）時，就會出現(xiàn)這種返流。
當真空室粗抽適度后就關(guān)閉粗抽閥門，而粗抽泵還在繼續(xù)運轉(zhuǎn)時，粗抽管道內(nèi)的壓力降低了會出現(xiàn)分子流狀態(tài)。碳氫化合物會出現(xiàn)返流，并凝結(jié)在粗抽閥蓋上或閥的密封處。當粗抽閥再打開時，這些凝結(jié)物就有可能離開閥蓋或密封處而返流向真空室一側(cè)。在下一個高真空循環(huán)周期中這些油蒸汽就會遷移到真空室內(nèi)而遭到污染。
為了解決粗抽造成的返流問題，主要是在前級管道中避免分子流態(tài)的發(fā)生，以防油蒸汽返流，當前級管道中達到前級壓力時，關(guān)閉粗抽閥對粗抽管道內(nèi)充氣（用一個充氣閥和一個可控漏孔），然后關(guān)閉粗抽泵。因而粗抽管道內(nèi)就不可能出現(xiàn)分子流態(tài)，防止了返流。
使用渦輪分子泵時，通?？刹挥么殖楣艿馈Ｈ缭诳焖傺h(huán)的系統(tǒng)中，不設(shè)粗抽管道，可以選用那些耐大氣沖擊的渦輪分子泵。能直接從大氣壓力下對真空室進行抽真空。
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