全自動菌落計數(shù)器因其計數(shù)準確、自動化程度高、可留存樣品信息、使用方便，一般可在數(shù)秒內統(tǒng)計出樣品菌落數(shù)、性價比高等優(yōu)點，而受到眾多企業(yè)、醫(yī)院、科研院所的喜愛，但是由于全自動菌落計數(shù)器的科技含量較高，如果選型出現(xiàn)問題，對日后的檢驗、科研工作會帶來很大不便，所以的辦法就是在挑選時一定要挑選一臺滿足使用需求的菌落計數(shù)器，那如何選購一款的菌落計數(shù)器呢？
　　一、根據實際使用需求來確定CCD傳感器的檔次
　　很多用戶偏向于選擇像素高的菌落計數(shù)器，卻沒考慮到檢驗和科研的實際應用需求，所以用戶在選購前就要確定好自己要買多少像素的CCD傳感器。
　　二、看圖像采集通道功能，指標越多越好
　　所謂"圖像采集通道"，就是菌落計數(shù)器對于樣品信息的獲取能力，也就是標志著菌落計數(shù)器開始計數(shù)統(tǒng)計前的初始信息是否真實可靠。如果圖像采集通道功能過于單一，那當后期計數(shù)時時會很容易出現(xiàn)誤判，所以"圖像采集通道"指標越多越好。指標響應時間越小，則標志著該菌落計數(shù)器獲取樣品信息的能力越強。
　　三、看zui小菌落分辨率為多少
　　一般入門級菌落計數(shù)器zui小菌落分辨率多半有0.1mm左右的效果，中等機型有0.05mm的水準，若實際比較入門、高階機型的圖檔顯示能力，擁有高分辨率的計數(shù)器，在菌落較小時效果會更明顯。
　　四、看有沒有數(shù)據及報表管理功能
　　在選購菌落計數(shù)器時一定要選有具有數(shù)據及報表管理功能的設備，于由微生物的不可復檢性，對于以往檢驗數(shù)據的管理和回溯極為重要，不然在實際開展工作時繁雜的統(tǒng)計數(shù)據和報表管理會耗盡科研人員的精力。
　　五、不要指標高的，就要效果好的
　　現(xiàn)在有些菌落計數(shù)器在給用戶介紹時，會宣傳他們的產品有多少多少功能，多高多高的指標，實際上等真正買回家，根本用不到這么多功能，zui重要的還是要統(tǒng)計菌落的實際效果好不好，不能為了過多的功能而買一個效果不是很好的設備。而統(tǒng)計效果的好壞關鍵在于算法是否合理。
　　六、看使用是否方便
　　全自動菌落計數(shù)器的一個主要優(yōu)點在于它降低了人工統(tǒng)計菌落的工作量，減輕了工作人員的工作強度，但由于菌落形態(tài)和樣品狀態(tài)的不確定性，市面上大多數(shù)菌落計數(shù)器都較為強調通過人工干預來提高準確度。用戶在選購設備時應注意操作是否簡便、是否符合工作人員的操作習慣和操作思路。一般來說，需要的人工干預越小，使用越簡便。