PCR-SSCP分析的基本程序為：首先PCR擴增特定靶序列，然后將擴增產(chǎn)物變性為單鏈，進(jìn)行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。在不含變性劑的中性聚丙烯酰胺凝膠中電泳時，DNA單鏈的遷移率除與DNA鏈的長短有關(guān)外，更主要的是取決于DNA單鏈所形成的構(gòu)象。在非變性條件下，DNA單鏈可自身折疊形成具有一定空間結(jié)構(gòu)的構(gòu)象。這種構(gòu)象由DNA單鏈堿基決定，其穩(wěn)定性靠分子內(nèi)局部順序的相互作用（主要為氫鍵）來維持。相同長度的DNA單鏈其順序不同，甚至單個堿基不同，所形成的構(gòu)象不同，電泳遷移率也不同。PCR產(chǎn)物變性后，單鏈產(chǎn)物經(jīng)中性聚丙烯酰胺凝膠電泳，靶DNA中含單堿基置換，或數(shù)個堿基插入或缺失等改變時，因遷移率變化會出現(xiàn)泳動變位，從而可將變異DNA與正常DNA區(qū)分開。由此可見，PCR-SSCP分析技術(shù)是一種DNA單鏈凝膠電泳技術(shù)，它根據(jù)形成不同構(gòu)象的等長DNA單鏈在中性聚丙烯酰胺凝膠中的電泳遷移率變化來檢測基因變異。該技術(shù)已被廣泛用于癌基因和抗癌基因變異的檢測、遺傳病的致病基因分析以及基因診斷、基因制圖等領(lǐng)域。
為了高靈敏特異性地顯示SSCP分析結(jié)果，現(xiàn)已發(fā)展多種PCR-SSCP技術(shù)，各有其優(yōu)勢及適用領(lǐng)域。例如，可以在PCR擴增中用同位素或熒光素等標(biāo)記引物或核苷，也可以在電泳后用銀染或溴化乙錠染色以顯示結(jié)果。這里將重點介紹zui常用的放射性同位素PCR-SSCP法。在進(jìn)行PCR擴增特定靶基因序列時，利用γ-32P-ATP標(biāo)記引物或直接在PCR反應(yīng)體系中加入α-32P-dCTP進(jìn)行PCR擴增，使擴增產(chǎn)物帶有同位素標(biāo)記物，然后將擴增產(chǎn)物變性為單鏈進(jìn)行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳，放射自顯影顯示結(jié)果。利用引物標(biāo)記或堿基摻入法使PCR擴增產(chǎn)物帶有同位素標(biāo)記物，均可使產(chǎn)物信號增強幾個數(shù)量級。二者相比較，前者經(jīng)濟、擴增特異性強，多用于大樣本的檢測和篩選；后者操作簡便，適于一般實驗室開展，可用于小樣本或大樣本的檢測和篩查。本節(jié)僅介紹同位素標(biāo)記堿基摻入法。
一、試劑準(zhǔn)備
⒈ PCR相關(guān)試劑
⒉ α-32P-dCTP
⒊ 30％聚丙烯酰胺（29：1）：丙烯酰胺29g、甲叉雙丙烯酰胺 1g，溶于100ml ddH2O中，4 OC保存。
⒋ 10％過硫酸胺配制方法：1g 過硫酸胺，溶于10ml ddH2O中，4 OC保存（可用數(shù)周）。
⒌ TEMED（N，N，N，N’，N’-四甲基乙二胺）
⒍ 5×TBE緩沖液：Tris堿54g、硼酸27.5g、0.5M EDTA(pH 8.0) 20ml，加ddH2O至1000ml。
7．變性上樣液：95% 甲酰胺、0.03%二甲苯青、0.05%溴酚藍(lán)、 20mM EDTA(pH 8.0)
二、操作步驟 
⒈ PCR擴增
反應(yīng)總體積為10μl，在0.5ml微量離心管中加入下列反應(yīng)成分：
10×buffer 1μl
dNTPmix 70μM
DNA模板 100ng
引物及Taq DNA酶 依實驗設(shè)計要求按比例加入
α-32P-dCTP 0.1μl
加ddH2O至 10μl