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早期表位作圖或定位（epitopemapping）主要是采用精細的、但十分繁瑣的蛋白質(zhì)化學方法。這些方法是基于蛋白質(zhì)修飾和降解的原理，可經(jīng)側(cè)鏈化學修飾法選擇性地標記氨基酸，失去結(jié)合的部分將被測出。蛋白質(zhì)抗原被降解為小片段，經(jīng)測序后確定抗體結(jié)合的位點。雖然其結(jié)果在蛋白化學中是非常的例子，但是要確定某一抗原的全部表位需要大量的時間。分子克隆技術和肽鏈合成方法的進展極大地促進了表位作圖方法的改進。現(xiàn)已可以通過誘變、蛋白質(zhì)合成或蛋白競爭結(jié)合方法鑒定其表位。此外，表位序列測定的應用對抗體結(jié)合表位的分析具有顯著的*性。表位作圖方法也可用在其他方面的研究，如蛋白質(zhì)功能活性的定位，以及特殊標志的結(jié)合區(qū)分析。
通過重組cDNA克隆的Tn5轉(zhuǎn)座子誘變技術獲得的瘧原蟲表面抗原
質(zhì)粒pEG81轉(zhuǎn)座子（Tn5）：該圖顯示了57個獨立的Tn5插入部分的位置，用Hindm消化純化的質(zhì)粒DNA，確定丁pEG81的HindⅢ酶切位點的插入突變。PEG81：：Tn5—121右側(cè)的插入能被PvuⅡ和BamHI消化，證明它們在pEG81的插入方向正確。PstI消化證實了Tn5的cDNA插入。用Psti消化pEGSl導致340bp限制性片段的消失，推測系Tn5插入該片段所致。圈中數(shù)字表示該插入對攜帶質(zhì)粒細胞的溶解產(chǎn)物與2G3結(jié)合無影響，菱形內(nèi)數(shù)字表示含質(zhì)粒細胞溶解產(chǎn)物不再與抗體結(jié)合。
對單克隆抗體和多克隆抗體識別蛋白質(zhì)抗原表位的確定為免疫化學分析提供了十分有用的信息。方法是檢測免疫反應特異性和鑒定不同抗體的重要方法。它也被用來確定相關物質(zhì)的特性，如蛋白修飾位點、蛋白片段的來源或該蛋白在細胞膜上的定位。利用結(jié)合特異性表位的抗體可以對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域、蛋白質(zhì)功能和蛋白質(zhì)間相互作用體可以確定相關蛋白質(zhì)在細胞內(nèi)的定位，以及測定相關蛋白質(zhì)的特異性或修飾其功能。
可用于檢測免疫反應特異性或不同抗體的鑒別，亦可用來確定蛋白質(zhì)的特性，如蛋白質(zhì)的位點、蛋白質(zhì)片段的來源以及蛋白質(zhì)在細胞中的定位。
表位可根據(jù)其功能的不同分為兩種不同類型：①線性表位（1inear）：為小的線狀肽鏈序列，約為5～20個氨基酸；②構(gòu)象表位（conformational）：由蛋白折疊而形成的較大的區(qū)域?？乖?mdash;抗體結(jié)合晶體結(jié)構(gòu)研究表明存在兩種類型的表位。
線性表位的抗體結(jié)合位點與其氨基酸側(cè)鏈骨架之間形成了較強的多樣性結(jié)構(gòu)，并與相鄰的肽鏈序列連接在一起，這些表位也被稱為連續(xù)性表位。事實上線性表位需要某些局部的結(jié)構(gòu)變形或為緊密的、但并非連續(xù)的氨基酸序列，如那些兼性。螺旋結(jié)構(gòu)。因此，所謂線性表位的描述是不夠確切的。所有與抗體結(jié)合位點功能相關的結(jié)構(gòu)，均位于一個肽鏈片段之中。而來自于該片段之外的其他序列，對于抗體結(jié)合位點的構(gòu)成并非重要。
構(gòu)象表位宜對較大的蛋白區(qū)。這些表位表現(xiàn)出側(cè)鏈間的相互作用，雖然在折疊蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中構(gòu)象表位彼此非?？拷溟g被較長的線性序列相互隔開。連續(xù)性表位或接近連續(xù)性的氨基酸序列對蛋白質(zhì)的降解作用有抵抗能力。而那些非連續(xù)性表位結(jié)構(gòu)在蛋白質(zhì)未能折疊的情況下將會失去活性，這也是兩種不同表位在功能上不同的關鍵所在。
在免疫印跡反應中，抗體能夠識別耐蛋白降解的表位，它們在蛋白抗原上的結(jié)合位點能夠被地定位，直到很小的肽鏈片段。
構(gòu)象表位的定位極為困難。競爭性試驗可用來確定2個或2個以上的抗體是否識別相同的蛋白質(zhì)抗原空間不連續(xù)表位或重疊位點。大分子蛋白質(zhì)常含有50—100個氨基酸組成的不連續(xù)折疊構(gòu)象。因此，利用重組DNA技術，可以定位那些構(gòu)象性表位，至少可以確定其肽鏈片段。
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