本法主要用于檢測抗體。以鴨病毒性肝炎（DVH）抗體的ELISA為例，間接ELISA的操作程序如下：
(1) 材料
① 包被液、洗滌液、保溫液、底物液、終止液；
② DVH包被抗原、酶標抗抗體、陰性及陽性DVH參考血清；待檢鴨血清；
③ ELISA檢測儀、加樣器、聚苯乙烯微量板。
(2) 方法步驟
① 加抗原包被 → 4℃隔夜，洗滌三次、拋干
② 加待檢血清 → 37℃ 2小時，洗滌三次、拋干
③ 加酶標抗體 → 37℃ 2小時，洗滌三次、拋干
④ 加底物液 → 37℃ 30分鐘，加終止液
⑤ 用ELISA檢測儀測定OD值，并計算出P/N比值。
(3) 結果判定 已知陽性血清與已知陰性血清的比值（P/N）≥2.1，而且已知陽性血清的OD值≥0.4；在上述條件成立的情況下，如果待檢血清與已知陰性血清的比值（P/N）≥2.1，而且待檢血清的OD值≥0.4，則判為陽性，否則判為陰性。