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有害的細菌和真菌不僅可能會污染原材料和生產設備，更糟糕的是有可能會污染最終的成品。我們的Applied Biosystems MicroSEQ™快速微生物鑒定系統(tǒng)(圖1)采用了高度精確的系統(tǒng)發(fā)生學方法，用于微生物的鑒定。這種方法主要是通過對細菌的16S rRNA基因和真菌大亞基的D2基因區(qū)域進行測序，并將測序結果與數據庫中經過驗證的序列進行比較而完成的。在rRNA測序完成后，MicroSEQ系統(tǒng)自動將測序結果與MicroSEQ微生物數據庫中經過驗證的序列進行比較。該結果根據參考序列與樣本間的遺傳距離排列并以遺傳系統(tǒng)發(fā)生樹的方式顯示(圖2)。這一系統(tǒng)包含廣泛驗證的細菌和真菌數據庫。細菌序列數據庫包含有超過2000個條目，這其中包括葡萄球菌、芽孢桿菌、棒狀桿菌、分枝桿菌以及非發(fā)酵型革蘭氏陰性菌等。真菌數據庫涵蓋了超過1100個條目。這兩個數據庫經常進行更新和擴充。