基因組原位雜交（Genome in situ hybridization，GISH）：利用物種之間DNA同源性的差異，用另一物種的基因組DNA以適當?shù)臐舛茸鞣庾瑁诎腥旧w上進行原位雜交。
熒光原位雜交（Fluorescence in situ hybridization，F(xiàn)ISH）：在已有的放射性原位雜交技術(shù)的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種非放射性DNA分子原位雜交技術(shù)。它利用熒光標記的核酸片段為探針，與染色體上或DNA顯微切片上的特異序列進行雜交，通過熒光檢測系統(tǒng)（熒光顯微鏡）檢測信號DNA序列在染色體或DNA顯微切片上的目的DNA序列，進而確定其雜交位點。FISH技術(shù)檢測時間短，檢測靈敏度高，無污染，已廣泛應(yīng)用于染色體的鑒定、基因定位和異常染色體檢測等領(lǐng)域。
多彩色熒光原位雜交（Multicolor fluorescence in situ hybridization，mFISH）：在FISH技術(shù)的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種新技術(shù)，它用幾種不同顏色的熒光素單獨或混合標記的探針進行原位雜交，能同時檢測多個靶位，各靶位在熒光顯微鏡下和照片上的顏色不同，呈現(xiàn)多種色彩。
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