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質(zhì)粒電泳3條帶?5條帶?一文告訴你原因

時間:2024/6/4閱讀:2823
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1.相信很多小伙伴將質(zhì)粒電泳后發(fā)現(xiàn),質(zhì)粒不是單一條帶,而是出現(xiàn)了很多條帶,例如下圖:

                                   質(zhì)粒電泳3條帶?5條帶?一文告訴你原因


2.質(zhì)粒為什么出現(xiàn)這樣的情況?

一般理解來說,質(zhì)粒DNA應(yīng)如圖2(左)所示的簡單環(huán)狀結(jié)構(gòu)。然而,雙鏈環(huán)狀DNA的分子軸變形或雙螺旋的扭曲,導(dǎo)致閉合環(huán)狀DNA中每個螺旋轉(zhuǎn)彎的實際堿基對數(shù)量發(fā)生變化,或者導(dǎo)致螺旋軸發(fā)生規(guī)則的空間變形,產(chǎn)生拓撲結(jié)構(gòu),形成質(zhì)粒DNA的超螺旋性狀(圖2右)。

質(zhì)粒電泳3條帶?5條帶?一文告訴你原因


因此,不同的拓撲結(jié)構(gòu)將使質(zhì)粒DNA形成多種形式,包括共價封閉圓形(CCC)形式、開放圓形(OC)形式(也稱為“缺口形式")和線性形式(通常通過奇特的限制性消化獲得)。在CCC形式中,兩條DNA鏈?zhǔn)枪矁r閉合的,DNA是超螺旋的。這種亞型的結(jié)構(gòu)最緊密。如果DNA斷裂產(chǎn)生缺口,就會產(chǎn)生OC,卷曲也就消失了。當(dāng)兩條線在同一位置斷裂時,就會產(chǎn)生線性形式。此外,質(zhì)??赡芤怨丫垠w形式出現(xiàn),例如串聯(lián)體,而串聯(lián)體又可能以不同的異構(gòu)體形式存在。所有這些形式都可以通過瓊脂糖凝膠電泳觀察到。但出現(xiàn)多少種條帶會根據(jù)你的質(zhì)粒提取技術(shù)、質(zhì)粒的新鮮程度、電泳液的配置以及瓊脂糖凝膠的配置等有所不同。


2.怎么區(qū)分質(zhì)粒的電泳條帶?

一般來說,質(zhì)粒遷移速度由快到慢分別是共價封閉原形(超螺旋)形式、線性和開放圓環(huán)(開環(huán))形式,并伴隨著其他形式。原因是:電泳DNA遷移速率與分子大小和構(gòu)象相關(guān),分子構(gòu)象越大,空間位阻阻力越大。超螺旋結(jié)構(gòu)較為緊密,因此跑的快;開環(huán)質(zhì)粒由于DNA斷開,阻力增大,因此跑的最慢。


3.怎么驗證質(zhì)粒是否可用?

綜上所述,質(zhì)粒存在多少條帶與多種因素相關(guān),沒有存在絕對的衡量標(biāo)準(zhǔn)。但如果用限制性內(nèi)切酶消化質(zhì)粒DNA,只會出現(xiàn)一條清晰的條帶。并且,由于酶切形成線性化DNA片段,其電泳遷移速率會比對照組原始質(zhì)粒的超螺旋結(jié)構(gòu)速度慢,可以檢驗質(zhì)粒是否被切開。


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