1、電子顯微鏡是比較脆弱的儀器，電子顯微鏡重要的地方就是鏡頭了，鏡頭不可以摔，放的時候要輕拿輕放，用完以后也要放在安全的地方。要保證實驗室的清潔。
2、如果條件允許的情況下，可以放到無塵環(huán)境下，實驗室里不可以有灰塵，防止鏡頭上粘有灰塵，影響觀察效果。空氣保持干燥，經(jīng)常通風、或者使用空調(diào)，如果實驗室太潮濕，那么電子顯微鏡的鏡頭就會腐蝕。
3、不可以在有震動的地方放置，經(jīng)常在有震動的地方容易導致觀看不準確，影響觀察效果，所以盡量保持在固定的地方觀察。
4、電子顯微鏡的電壓也要保持輸入電壓在220V、輸入電壓5V，上下波動不可以太大，如果大大，可能導致燒壞顯微鏡。溫度盡量在0度——30度之間，溫度太低也不行，太高也不行。
5、 電子顯微鏡的核心部分非專業(yè)人士不能拆開，電子顯微鏡的光源也很重要，保證亮度要一直，切勿忽高忽低，影響觀察效果，導致眼睛疲勞。使用過光源以后要關掉，不能直接把插銷，應先關開關，然后再把電源。
6、當電子顯微鏡使用完畢時，一定要把倍數(shù)調(diào)成低狀態(tài)，這樣一是方便下次使用，二是保證鏡頭的精確度。
7、電子顯微鏡的支架也要注意，不要隨意移動，使用完畢后不要立刻把防塵罩罩上，讓顯微鏡和光源的溫度降下來，然后在罩上（防塵）。再次強調(diào)如果有技術上的問題無法解決，一定不要私自拆開，應該找專業(yè)人士解決。以上幾點注意好，電子顯微鏡的使用壽命就會變長。
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