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單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala和10X Genomics聯(lián)合坐鎮(zhèn)單細胞核測序,用數據說話

閱讀:321        發(fā)布時間:2024-5-28


單細胞轉錄組測序(scRNA-seq)技術作為一項革命性的生物學工具,讓人們更直觀的認識到不同的細胞亞群和狀態(tài)。但由于凍存組織無法制備高質量的細胞懸液以及細胞形狀不規(guī)則,細胞體積較大的樣本無法直接通過scRNA測序來分析。

這時,單細胞水平上的核轉錄組測序(snRNA-seq)應運而生,帶來了一種新的解決方案。單細胞核轉錄組測序就是把組織抽核,制備成單細胞核懸液進行核轉錄組測序。大大減少了樣本處理的難度,加速了人類對疾病發(fā)生發(fā)展探索的步伐。


強強聯(lián)合,助力單細胞核測序時代



實驗步驟

1) 將新鮮冷凍的人腦組織進行解離并過濾制成核懸液。

2) 使用單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala 進行核分選后,進行計數和成像以確定細胞數量和碎片清除效率。

3) 計數后的核稀釋至300,000個/ml , 每次添加600μl懸液至Pala細胞芯片中,進行大量細胞分選模式。分析并根據FSC(前向散射)/ALL(軸向光損失)和FSC/PI圖表對核進行門控,以去除雙聯(lián)體和碎片。

4) 加載到10X Genomics進行文庫制備和測序

單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala和10X Genomics聯(lián)合坐鎮(zhèn)單細胞核測序,用數據說話


實驗結果

1) 對比來自解離的大腦核圖像發(fā)現(xiàn),經過單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala后的組織樣本成功清除了碎片。

單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala和10X Genomics聯(lián)合坐鎮(zhèn)單細胞核測序,用數據說話

2) Pala與標準樣本的統(tǒng)計數據對比,發(fā)現(xiàn)經過Pala分選后的細胞數量更多,每個細胞的平均讀數更低,每個樣本的總讀數更多,測序飽和度更低。

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3) 從結果圖中看到,標準樣本主要由少突膠質細胞主導,而Pala測序顯示出更多的集群和更均勻的細胞類型分布。

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相較于傳統(tǒng)核樣本準備方法,單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala提供了以下優(yōu)勢:

輕柔分選

<2si 的鞘液壓力,減少了對細胞的物理損傷,特別是脆弱的細胞類型,如神經細胞。

去除細胞聚集體和碎片

Pala能夠有效去除細胞聚集體和大小不一的碎片,這對于提高后續(xù)測序步驟中獲得高質量數據至關重要。

高細胞恢復率

Pala分選的樣本比標準樣本多產生了10%的細胞,這表明Pala在分選過程中能夠更有效地恢復細胞。

簡化操作流程

Pala的設置和操作相對簡單,使得用戶能夠快速上手并進行實驗,減少了因操作復雜性帶來的技術障礙。

減少實驗時間和成本

與傳統(tǒng)的FACS相比,Pala的簡化流程和較低的運行成本

適用于多種樣本類型

適用于多種類型的細胞和核樣本,包括那些難以通過傳統(tǒng)方法分離的細胞類型。

靈活分選

提供三種分選模式,包括單細胞分選,稀有細胞富集,大量細胞分選




總的來說,單細胞柔性分選平臺Pala 和 10X Genomics強強聯(lián)合,為單細胞RNA測序提供了一個高質量、高效率的樣本準備方案。


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