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Namocell單細(xì)胞分離儀應(yīng)用---單細(xì)胞測(cè)序
2018年11月，Namocell與CZ-Biohub（Chan Zuckerburg Biohub）合作，在單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域做出了新的嘗試。CZ-Biohub利用Namocell單細(xì)胞分離儀分選出目的B細(xì)胞，并且將其進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序，為抗體新藥的發(fā)現(xiàn)邁出了重要一步。
單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）作為一種全基因組測(cè)序的方式，在單細(xì)胞層面廣泛用于確定細(xì)胞類型和細(xì)胞變異的鑒定。Namocell單細(xì)胞分離儀可以通過細(xì)胞標(biāo)記CD27以及一種細(xì)胞活性的染料，來分選出單個(gè)活的B細(xì)胞。通過分析分離后的單細(xì)胞基因表達(dá)情況，對(duì)比靜息記憶B細(xì)胞，可以從單細(xì)胞層面研究基因表達(dá)差異。
圖一，人的未成熟記憶B細(xì)胞在mCD40L-3T3中批量刺激培養(yǎng)6天。收集細(xì)胞并用CD27-PE和CellTracker Green進(jìn)行細(xì)胞染色。通過Namocell單細(xì)胞分離儀篩選PE/FITC雙陽性的細(xì)胞，單細(xì)胞分選至96孔PCR板，分選前PCR板中已預(yù)先鋪好4ul/孔的裂解液。通過cDNA合成情況得出單細(xì)胞分選的比例為97%。接下來進(jìn)行VH和VL抗體可變區(qū)域（A，n=8）的特異性基因的擴(kuò)增或者全轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)制備；通過二代測(cè)序獲取序列，參照靜息記憶B細(xì)胞BCR抗體表達(dá)資料組進(jìn)行對(duì)比分析（B）；B細(xì)胞激活基因的差異（C）； 整體基因升降規(guī)律（D）。每孔只有一組BCR轉(zhuǎn)錄物，以及通過Sanger測(cè)序確定的VH和VL質(zhì)量，都充分說明了分入PCR管中的只有一個(gè)細(xì)胞。
上述實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)確定了分選出來的單細(xì)胞的效率，同時(shí)也驗(yàn)證了通過實(shí)驗(yàn)前期處理和設(shè)門標(biāo)準(zhǔn)得到的確定是激活的B細(xì)胞。更重要的是，來自分選后的單細(xì)胞的cDNA適用于后續(xù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)制備和免疫球蛋白輕重鏈可變區(qū)域的全長(zhǎng)PCR。Namocell單細(xì)胞分離儀提供了一種全新的桌面式單細(xì)胞分選平臺(tái)，并且可以與下游單細(xì)胞測(cè)序分析無縫對(duì)接。