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6-JOE（6-羧基-4',5'-二氯-2',7'-二甲氧基熒光素）是一種常用的熒光染料，廣泛應(yīng)用于DNA測(cè)序、實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qPCR）、生物共軛等領(lǐng)域。  

CAS：82855-40-1 

英文名：6-JOE  

分子式：C23H14Cl2O9  

分子量：505.26 

規(guī)格標(biāo)準(zhǔn)：1mg、5mg、10mg 

試劑廠家：陜西新研博美生物科技有限公司 

相關(guān)應(yīng)用：

DNA測(cè)序：6-JOE是一種常用的熒光標(biāo)記染料，適用于自動(dòng)化DNA測(cè)序。

實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qPCR）：可用于構(gòu)建雙標(biāo)記探針，如TaqMan探針，與淬滅基團(tuán)（如BHQ-1）聯(lián)用，實(shí)現(xiàn)高靈敏度的實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)。

生物共軛：可用于標(biāo)記含氨基的生物分子（如蛋白質(zhì)、寡核苷酸），用于熒光標(biāo)記。 

使用方法：

1. DNA測(cè)序

6-JOE常用于自動(dòng)化DNA測(cè)序中的熒光標(biāo)記探針。

探針標(biāo)記：

將氨基修飾的寡核苷酸溶于pH 8.5的碳酸鹽緩沖液中。

按照10倍摩爾量加入6-JOE SE（琥珀酰亞胺酯）的DMSO溶液。

室溫避光反應(yīng)2小時(shí)。

通過(guò)凝膠過(guò)濾層析（如Sephadex G-25柱，PBS洗脫）或超濾離心（如Amicon Ultra離心管，3–10 kDa截留分子量）純化，去除游離染料。

四色系統(tǒng)配置：

6-JOE標(biāo)記的片段在550 nm處檢測(cè)，與FAM（藍(lán)色）、TAMRA（黃色）、ROX（紅色）區(qū)分。

2. 實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qPCR）

6-JOE可用于構(gòu)建雙標(biāo)記探針，如TaqMan探針。

探針設(shè)計(jì)：

選擇合適的引物和探針序列，確保探針與目標(biāo)DNA序列互補(bǔ)。

探針的5'端標(biāo)記6-JOE，3'端標(biāo)記淬滅基團(tuán)（如BHQ-1）。

反應(yīng)體系：

在反應(yīng)體系中加入標(biāo)記好的探針、引物、dNTPs、Taq酶和模板DNA。

按照標(biāo)準(zhǔn)的qPCR程序進(jìn)行擴(kuò)增，通常為93℃預(yù)變性3-5分鐘，然后進(jìn)入循環(huán)擴(kuò)增階段：93℃ 40秒 → 58℃ 30秒 → 72℃ 60秒，循環(huán)30-35次。

3. 蛋白質(zhì)與細(xì)胞標(biāo)記

6-JOE可用于標(biāo)記抗體或其他蛋白質(zhì)。

抗體標(biāo)記：

將1 mg抗體溶于0.1 M NaHCO?（pH 9.0）中。

加入10倍摩爾量的6-JOE SE/DMSO溶液。

4℃反應(yīng)4小時(shí)。

通過(guò)凝膠過(guò)濾純化，去除未結(jié)合的染料。

4. 熒光傳感器構(gòu)建

6-JOE可用于構(gòu)建分子信標(biāo)和FRET探針。

分子信標(biāo)：

6-JOE作為報(bào)告基團(tuán)，與淬滅基團(tuán)連接于發(fā)夾DNA的兩端。

當(dāng)分子信標(biāo)與目標(biāo)核酸雜交時(shí)，熒光恢復(fù)。

FRET探針：

6-JOE可與Cy3/Cy5等熒光團(tuán)配對(duì)，用于檢測(cè)蛋白相互作用，能量轉(zhuǎn)移效率可達(dá)80%以上。

結(jié)構(gòu)式：

相關(guān)試劑產(chǎn)品：

Fluorescein diphosphate tetraammonium

SYBR Green II

AF647-NHS ester

4-Bromomethyl-6,7-dimethoxycoumarin

HOE-S 785026 trihydrochloride

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PBFI

Cyanine3 amine TFA

Pentafluorobenzenesulfonyl fluorescein

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5(6)-Carboxynaphthofluorescein

Fluorescein-CM2

Quinacrine mustard dihydrochloride

Fura-2 pentapotassium

Near-IR fluorescent probe-1 

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