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Taq DNA聚合酶有幾種,除了普通擴增用的Taq DNA聚合酶外，還有以下幾種特意性Taq DNA聚合酶。
a，保真性的一個通用標準是錯配率，錯配率越低保真性越好。普通 Taq 酶的錯配率在 10 -5 堿基 / 循環(huán)數，而高保真 Taq 酶錯配率可降到 10 -6 數量級，大大降低了出錯的可能性；它適合對 PCR 保真性要求較高的實驗，如基因篩選、測序、突變檢測等等。高保真 Taq 酶的保真原理是：高保真 Taq 酶具有 3‘ 到 5’ 核酸外切酶的活性。目前市面上主要有兩類產品：一類是混合型的高保真酶，將帶有 Proofreading 活性的酶與普通 Taq 酶（用于提高擴增效率）混合起來；另一類是單一型的高保真酶。
b，熱啟動Taq酶（高特異Taq酶）：在 PCR *個循環(huán)變性之前，有一個升溫的過程，引物和模板會有一些非特異性配對，如果這時 Taq 酶發(fā)揮活性，就很容易產生非特異性擴增，由于循環(huán)初期模板量非常少，產生的非特異性條帶經過后面的指數擴增，就會嚴重干擾目的片段的擴增，甚至導致特異性條帶不能擴出；而熱啟動 Taq 酶是必需經過高溫才能激活的酶，因此在初始循環(huán)的變性之前它沒有活性，不會產生非特異性擴增，這就大大提高了 PCR 擴增的特異性。
c，高耐熱Taq酶： 對于有些模板變性溫度較高，需要時間較長，可能要求高耐熱性 Taq 酶，如 NEB 公司的 Vent 和 Deep Vent DNA 聚合酶系列，兩者都是從海底火山口分離出來后克隆的，是普通 Taq 酶耐熱性的三倍以上，前者在 95°C 半衰期近 7 小時， 100°C 近 2 小時；而后者分別為 23 小時和 8 小時。
d，超長片段擴增Taq酶:對于作基因組圖譜、測序及分子遺傳學研究的科研人員，可能會用到超長片段的擴增， Clontech 公司的 Advantage Genomic 系列混有 Tth DNA 聚合酶， Proofreading 酶和熱啟動抗體，對復雜模板可擴增 10kb 片段，簡單模板可達 40kb 。