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PCRdi檢出限芻議

閱讀:1313      發(fā)布時間:2020-11-17
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現(xiàn)在,PCR試劑盒常用于各種檢測。其中di檢出限是PCR試劑盒一個重要的參數(shù)。PCRdi檢出限就是所能檢測到的靶標的di值。di檢出限的確定應通過定量標準品來完成。定量標準品一般是經(jīng)過嚴格標定拷貝數(shù)的陽性DNA,梯度稀釋后進行一系列的檢測,每個梯度做8個復孔,終確定條帶能否觀測到或確定Ct值。

 示例. PCR定量標準品(支原體)(Minerva Biolabs

接著可用Reed-Muench公式計算方法的檢測限(LOD50),lgLOD50=距離比例×稀釋對數(shù)質檢的差+高于50%檢出率的稀釋度的對數(shù)。距離比例=(高于50%檢出率的百分數(shù)-50%/(高于50%檢出率的百分數(shù)-低于50%檢出率的百分數(shù))。也可使用Excel軟件在回歸分析中,自動計算LOD值(Data>Data Analysis>Regression,選中X,Y值)

PCRdi檢出限相當于方法的靈敏度,它與DNA模板的質量(包括是否有雜質)、整個PCR反應體系的性能優(yōu)化(包括反應緩沖液、酶的功能、引物序列、引物濃度)、PCR程序條件的設定都有關系。有人采用巢式PCR,的確使得方法的靈敏度更高,但同時也增加了反應的復雜性和反應時間。

總之,PCR具有足夠低的檢測限,才能保證不會發(fā)生漏檢。因此,在方法學意義上,di檢測限應受到足夠的重視。

參考文獻:

  1. Armbruster, D.A., Pry T. Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation. Clin. Biochem. Rev. 29, Suppl 1 (2008).
  2. Ripp, J., Analytical Detection Limit Guidance & Laboratory Guide for Determining Method Detection Limits, Wisconsin Department of Natural Resources, Laboratory Certification Program, 1996. 
  3. Shrivastava, A., Gupta, V. Methods for the determination of limit of detection and limit of quantitation of the analytical methods. Chronicles Young Sci. 2, 1 (2011). doi:10.4103/2229-5186.79345.
  4. Desimoni, E., Brunetti, B. About Estimating the Limit of Detection by the Signal to Noise Approach. Pharm. Anal. Acta. 6, 4 (2015). doi:10.4172/2153-2435.1000355.

 

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