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離子色譜儀工作流程基本大同小異。其流程主要為：
(1)對淋洗液系統(tǒng)進行必要檢查，打開氬氣氣瓶開關(guān)，調(diào)節(jié)減壓閥指示為0.2-0.3Mpa;打開淋洗液系統(tǒng)氣源裝置，調(diào)節(jié)減壓閥，使指示表顯示為3-6PSi。
(2)離子色譜儀分別按順序打開主機-電腦-打印機等設(shè)備電源開關(guān)，對設(shè)備進行上電操作。
(3)系統(tǒng)處理及控制系統(tǒng)上電接通后，進入操作界面，并進入系統(tǒng)操作面板，準備操作前的準備及管理工作。
(4)打開泵。如色譜分析儀長時間不使用或更換淋洗液后，要先打開平衡泵頭上的PRIME閥排氣后再開泵，待泵壓力穩(wěn)定后再打開抑制器電源。
(5)在進入離子色譜儀色譜柱之前通過進樣器將樣品導入,流動相將樣品帶入色譜柱,在色譜柱中各組分被分離,并依次隨流動相流至檢測器。
(6)離子色譜儀檢測器檢測到的信號送至數(shù)據(jù)系統(tǒng)，利用操作界面做完樣后，選擇檢測標準進入數(shù)據(jù)處理，對采集數(shù)據(jù)進行記錄、處理、打印或者保存等操作。
(7)關(guān)機，系統(tǒng)關(guān)機需要根據(jù)檢測樣品不同選擇不同關(guān)機步驟。對于陰陽離子，需要先將抑制器電流關(guān)掉，然后再關(guān)泵，最后關(guān)主機。
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