很多離子可用多種檢測(cè)方式。例如測(cè)定過渡金屬時(shí)，可用單柱法直接用電導(dǎo)或脈沖安培檢測(cè)器，也可用柱后衍生反應(yīng)，使金屬離子與PAR或其它顯色劑作用，再用UV/VIS檢測(cè)。一般的規(guī)律是：對(duì)無紫外或可見吸收以及強(qiáng)離解的酸和堿，最好用電導(dǎo)檢測(cè)器；具有電化學(xué)活性和弱離解的離子，最好用安培檢測(cè)器；對(duì)離子本身或通過柱后反應(yīng)后生成的絡(luò)合物在紫外可見有吸收或能產(chǎn)生熒光的離子和化合物，最好用UV/VIS或熒光檢測(cè)器。若對(duì)所要解決的問題有幾種方案可選擇，分析方案的確定主要由基體的類型、選擇性、過程的復(fù)雜程度以及是否經(jīng)濟(jì)來決定。
離子色譜柱填料的發(fā)展推動(dòng)了離子色譜應(yīng)用的快速發(fā)展，對(duì)多種離子分析方法的開發(fā)提供了多種可能性。特別應(yīng)提出的是在pH0-14的水溶液和100%有機(jī)溶劑（反相高效液相色譜用有機(jī)溶劑）中穩(wěn)定的親水性高效高容量柱填料的商品化，使得離子交換分離的應(yīng)用范圍更加擴(kuò)大。常見的在水溶液中以離子形態(tài)存在的離子，包括無機(jī)和有機(jī)離子，以弱酸的鹽（Na2CO3/NaHCO3，KOH、NaOH）或強(qiáng)酸（H2SO4、甲基磺酸、HNO3、HCl）為流動(dòng)相，陰離子交換或陽(yáng)離子交換分離，電導(dǎo)檢測(cè)，已是成熟的方法，有成熟的色譜條件可參照。

對(duì)近中性的水可溶的有機(jī)“大"分子（相對(duì)常見的小分子而言），若待測(cè)化合物為弱酸，則由于弱酸在強(qiáng)堿性溶液中會(huì)以陰離子形態(tài)存在，因此選用較強(qiáng)的堿為流動(dòng)相，陰離子交換分離；若待測(cè)化合物為弱堿，則由于在強(qiáng)酸性溶液中會(huì)以陽(yáng)離子形態(tài)存在，選用較強(qiáng)的酸作流動(dòng)相，陽(yáng)離子交換分離；若待測(cè)離子的疏水性較強(qiáng)，由于與固定相之間的吸附作用而使保留時(shí)間較長(zhǎng)或峰拖尾，則可在流動(dòng)相中加入適量有機(jī)溶劑，減弱吸附，縮短保留時(shí)間、改善峰形和選擇性。對(duì)該類化合物的分離也可選用離子對(duì)色譜分離，但流動(dòng)相中一般含有較復(fù)雜的離子對(duì)試劑。
此外，對(duì)弱保留離子可選用高容量柱和弱淋洗液以增強(qiáng)保留，對(duì)強(qiáng)保留離子則反之。離子色譜中常用的兩種主要檢測(cè)器:電化學(xué)檢測(cè)器（包括電導(dǎo)和安培）和光學(xué)檢測(cè)器。在水溶液中以離子形態(tài)存在的離子，即較強(qiáng)的酸或堿，應(yīng)選用電導(dǎo)檢測(cè)。具有對(duì)紫外或可見光有吸收基團(tuán)或經(jīng)柱后衍生反應(yīng)后（IC中較少用柱前衍生）生成有吸光基團(tuán)的化合物，選用光學(xué)檢測(cè)器。具有在外加電壓下可發(fā)生氧化或還原反應(yīng)基團(tuán)的化合物，可選用直流安培或脈沖安培檢測(cè)。對(duì)一些復(fù)雜樣品，為了一次進(jìn)樣得到較多的信息，可將兩種或三種檢測(cè)器串聯(lián)使用。