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背景介紹
互作轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)Dual RNA-seq，是研究宿主和微生物互作的技術(shù)，無(wú)需分離物種，一次實(shí)驗(yàn)同時(shí)分析兩個(gè)或多個(gè)互作物種間基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)變化，并通過(guò)互作模型圖獲得物種間基因的調(diào)控關(guān)系，得到物種間相互作用的機(jī)制。
最初互作轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)主要應(yīng)用于一些疾病研究上如感染性肺炎、炎癥性腸病、齲齒、牙周炎等常見(jiàn)慢性感染性疾病上。后來(lái)，互作轉(zhuǎn)錄組延伸到腸道、呼吸道、皮膚、口腔微生物等研究，從單純的原核微生物到后來(lái)的真核微生物互作。再之后，植物-微生物互作也被廣泛研究。
技術(shù)路線
圖.Dual RNA-seq實(shí)驗(yàn)流程：W.T. et. al,2017
技術(shù)應(yīng)用
醫(yī)學(xué)領(lǐng)域
研究病原體致病機(jī)制；
探索宿主免疫應(yīng)答機(jī)制。
農(nóng)業(yè)領(lǐng)域
動(dòng)植物病蟲(chóng)害防治；
生物共生關(guān)系研究。
實(shí)驗(yàn)方案
步驟 | 產(chǎn)品推薦 | 產(chǎn)品貨號(hào) |
宿主-微生物共提取 | MolPure® Magnetic Pathogen DNA/RNA Kit 磁珠法病原DNA/RNA提取試劑盒 | 18306ES |
gDNA消化 | Deoxyribonuclease I (DNase I) from bovine pancreas | 10607ES |
rRNA去除或者polyA捕獲 | 磁珠法微生物核糖體去除盒+磁珠法被子植物核糖體去除試劑盒 （植物-微生物互作） 或 磁珠法哺乳動(dòng)物通用核糖體去除試劑盒+磁珠法原核微生物核糖體去除試劑盒（動(dòng)物-微生物互作） | 12262ES+12264ES或12266ES+12264ES |
Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2 （polyA 捕獲，適合互作微生物為真菌） | 12629ES | |
total RNA建庫(kù) | Hieff NGS ® EvoMax RNA Library Prep Kit（dUTP） | 12340ES |
測(cè)序 | Illumina或者M(jìn)GI | |
建議實(shí)驗(yàn)時(shí)，選擇帶UMI標(biāo)簽的接頭，如13370ES~13371ES（Illumina）/13367ES~13368ES（MGI） | ||
（該實(shí)驗(yàn)方案參考文獻(xiàn)編寫(xiě)）
要點(diǎn)強(qiáng)調(diào)：
Dual RNA-seq的關(guān)鍵點(diǎn)有兩個(gè)，一個(gè)是樣本的選擇，需要取到被感染到的樣本，但是取到了被感染的樣本，寄生微生物的量也很有可能比較低比如取被寄生的植物葉片或根莖，提取 RNA，那么絕大部分都是植物的 RNA、取動(dòng)物組織，提取 RNA，那么絕大部分還是被感染動(dòng)物的 RNA等情況。 二是生信分析，dual RNA-seq生信分析時(shí)，需要有感染前后的差異比較以及差異基因是否參與了互作影響的精細(xì)分析。
參考文獻(xiàn)：
1、Westermann A J, Barquist L, Vogel J. Resolving host-pathogen interactions by dual RNA-seq[J]. Plos Pathogens, 2017, 13(2):e1006033.
2、Wolf T, K?mmer P, Brunke S, et al. Two's company: studying interspecies relationships with dual RNA-seq[J]. Current Opinion in Microbiology, 2017, 42:7.
3、Marsh JW, Humphrys MS, Myers GSA. A Laboratory Methodology for Dual RNA-Sequencing of Bacteria and their Host Cells In Vitro. Front Microbiol. 2017 Sep 21;8:1830.
