實驗動物: nog小鼠比格犬五指山豬長爪沙鼠新西蘭兔棉鼠 app/ps1小鼠 db/db小鼠 ob/ob小鼠 apoe小鼠 egfp小鼠 Wistar孕鼠實驗小鼠 LEWIS大鼠 129/Se小鼠 F344大鼠 C3H/He小鼠 BN大鼠 CBA/ca小鼠 DBA/2小鼠 BALB/c-nu裸鼠 F1代小鼠 BALB/c小鼠 C57小鼠 KM小鼠 ICR小鼠 Wistar大鼠 SD大鼠

分子生物學試劑: 酶抑制劑核酸提取 DNA溶液 RNA溶液 PCR相關表達純化感受態(tài)制備核酸其他載體菌種免疫印跡蛋白其他蛋白電泳蛋白提取與檢測核酸電泳核酸雜交

病理染色液: 指示劑核酸染色脫水劑 HE染色骨組織染色微生物染色植物染色細胞染色其他染色脫鈣液結締組織染色脂類染色色素染色金屬及鹽染色碳水化合物染色固定液酶類染色神經(jīng)染色

常規(guī)試劑: 微生物培養(yǎng) 常規(guī)其他培養(yǎng)基添加劑動物實驗生化試劑生長調節(jié)劑比色液抗凝劑植物營養(yǎng)液消毒劑樣本保存液緩沖液抑菌劑植物組培

細菌宏基因組解決方案

時間：2015/3/25閱讀：2636

針對30個小鼠腸道菌群和炎癥性腸病的關聯(lián)性研究，我們采用目前zui常用的宏基因組數(shù)據(jù)分析流程。【圖1】

首先，去除原始數(shù)據(jù)中的低質量的測序片段，以及可能來自于小鼠的片段，獲得高質量的小鼠腸道菌群序列。將高質量序列比對到NCBI的2,382個微生

圖1 宏基因組分析流程

物的無冗余混合基因組上，對比對上的測序片段進行統(tǒng)計，獲得不同物種的比對豐度。大約有30%左右的測序片段可以比對到NCBI標準參考基因組上，而大約70%的片段可能來自于未知的物種，或者是微生物基因組的未知區(qū)域。其次，

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