微生物環(huán)境監(jiān)測是測定代表環(huán)境質量的各種指標數據的過程，包括環(huán)境分析、物理測定和生物監(jiān)測。其中生物監(jiān)測是利用各種生物信息作為判斷環(huán)境污染狀況的一種手段。生物生活在環(huán)境中，不僅可以反映多種因子污染的綜合效應，而且還能反映環(huán)境污染的歷史狀況。因此，生物監(jiān)測可以彌補物理、化學測試的不足。
 

　　

　　開展微生物環(huán)境監(jiān)測時，我們可以通過監(jiān)測水體中特定微生物的數量和種類的變化，反映水質變化趨勢。但是環(huán)境中微生物的數量和種類太龐大，工作量巨大，因此無法對水體中各種可能存在的有害致病微生物一一進行檢測。通常還可以選擇適當的指示菌作為監(jiān)測的主要對象，來預報水質的污染趨勢，以保證水質的衛(wèi)生安全。雖然微生物作為環(huán)境污染的指示物在應用上不及動植物廣泛，但是微生物的某些特性使微生物在環(huán)境監(jiān)測中具有特殊的作用。

　　

　　微生物環(huán)境監(jiān)測應當制定清潔、消毒、衛(wèi)生的標準操作規(guī)程，其中應當涉及環(huán)境監(jiān)測結果。實驗室使用前后應進行消毒，并定期監(jiān)測消毒效果。應有足夠的洗手和手部消毒設施。應當有有害微生物污染的處理程序。使用的消毒劑種類應符合潔凈實驗室的相關要求，并定期更換。理想的消毒劑不僅能殺滅多種微生物，對人體無毒性，不會腐蝕或污染設備，而且具有去污功能，性能穩(wěn)定，起效快，殘留少，價格合理。對所用消毒劑、清潔劑的微生物污染情況進行監(jiān)測，并在規(guī)定的有效期內使用，潔凈區(qū)應使用無菌或無菌的消毒劑和清潔劑。