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使用與其他噬菌體展示方法相同的步驟來對(duì)制備出的文庫的文庫容量和多樣性進(jìn)行鑒定。為了在篩選后得到序列與結(jié)構(gòu)的關(guān)系，應(yīng)保證在噬菌粒文庫中存在合理水平的過量，以確保在篩選步驟中所有克隆都能被取樣，這一點(diǎn)是很重要的。我們通常力爭讓文庫容量比理論上的蛋白序列多樣性過量約100倍?？梢酝ㄟ^將梯度稀釋的電轉(zhuǎn)后細(xì)胞鋪板，來評(píng)估噬菌粒文庫的容量。隨后，為了測定轉(zhuǎn)化后文庫的存在，可以通過菌落PCR或者限制性酶切（如果在突變時(shí)引入或刪除了限制性酶切位點(diǎn)）來鑒定單克隆。例如，如果親代克隆（模板）有一個(gè)*的限制性酶切位點(diǎn)在突變時(shí)被破壞了，則可以用這一點(diǎn)來測定親代克隆在文庫中的比例。對(duì)于像從文庫那樣含有幾個(gè)部分隨機(jī)化位點(diǎn)的特定文庫，通過對(duì)單克隆的DNA進(jìn)行測序來評(píng)價(jià)多樣性。序列分析會(huì)揭示在原始文庫里是否存在著對(duì)一些特殊的克隆的傾向。為了以確保沒有一個(gè)遠(yuǎn)遠(yuǎn)過量于其他克隆的克隆存在，可以使用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法測定需要進(jìn)行測序的克隆的zui小數(shù)量，以得到一個(gè)明確的文庫容量。