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技術(shù)文章

甲基化檢測方法(亞硫酸氫鹽修飾后測序法)

閱讀:2858          發(fā)布時間:2011-2-21

 

*部分 基因組DNA的提取

這一步?jīng)]有懸念,*可以購買供細(xì)胞或組織使用的DNA提取試劑盒,如果實驗室條件成熟,自己配試劑提取*可以。DNA比較穩(wěn)定,只要在操作中不要使用暴力,提出的基因組DNA應(yīng)該是完整的。

此步重點在于DNA的純度,即減少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取過程中需使用蛋白酶KRNA酶以去除兩者。

 

使用兩者的細(xì)節(jié):

1、蛋白酶K可以使用滅菌雙蒸水配制成20mg/ml

2、RNA酶必須要配制成不含DNA酶的RNA酶,即在購買市售RNA酶后進(jìn)行再處理,配制成10mg/ml。否則可能的后果是不僅沒有RNA,連DNA也被消化了。兩者均于-20保存。

 

驗證提取DNA的純度的方法有二:

1、紫外分光光度計計算OD比值;

2、1%-1.5%的瓊脂糖凝膠電泳。

第二種方法優(yōu)于*種方法,這種方法*可以明確所提基因組DNA的純度,并根據(jù)Marker的上樣量估計其濃度,以用于下一步的修飾。

 

第二部分 亞硫酸氫鈉修飾基因組DNA

如不特別指出,所用雙蒸水(ddH2O)均經(jīng)高壓蒸汽滅菌。

1、將約2ugDNA1.5mlEP管中使用ddH2O稀釋至50μl;

2、加5.5ul新鮮配制的3M NaOH;

3、42水浴30min

以下步驟在水浴期間配制:

4、10mM 對苯二酚(氫醌),加30μl至上述水浴后混合液中(溶液變成淡黃色);

5、3.6M 亞硫酸氫鈉(Sigma,S9000),配制方法:1.88g亞硫酸氫鈉使用ddH2O稀釋,并以3M NaOH滴定溶液至PH 5.0,zui終體積為5ml。這么大濃度的亞硫酸氫鈉很難溶,但加入NaOH后會慢慢溶解,需要有耐心。PH一定要準(zhǔn)確為5.0。加520μl至上述水浴后溶液中;

6、EP管外裹以鋁箔紙,避光,輕柔顛倒混勻溶液;

7、加200μl石蠟油,防止水分蒸發(fā),限制氧化;

8、50避光水浴16h。

 

這一步需要注意的細(xì)節(jié):

1、基因組DNA的量不需十分,寧多勿少,因為在以后純化回收步驟中會有丟失,且此方法修飾zui多可至4μg

2、所有試劑均須新鮮配制,所以配液的技術(shù)要過關(guān),既要快,又要;

3、亞硫酸氫鈉溶液呈強(qiáng)酸性,一定用堿將PH調(diào)制5.0,否則PH不合適會影響后續(xù)純化吸收;

4、水浴達(dá)16小時,雖可以短至8小時,但后者修飾會有不*。

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