acRIP-seq ac4C乙酰化RNA免疫沉淀測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號 acRIP-seq
- 產(chǎn)地
- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2025/4/17 16:53:57
- 訪問次數(shù) 116
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ac4C RNA乙?；?span>N4-acetyicytidine，ac4C），N4位乙酰胞嘧啶，是真核原核生物中保守的化學(xué)修飾，早期研究認(rèn)為ac4C主要存在于tRNA和18S rRNA上。近期研究顯示，mRNA上也存在大量的ac4C，該修飾在促進(jìn)蛋白翻譯、影響RNA穩(wěn)定性和可變剪接、調(diào)控基因表達(dá)發(fā)揮重要作用，是繼m6A修飾之后表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新興發(fā)展方向。
ac4C RNA修飾的檢測，易基因采用基于抗體富集的ac4C RNA乙?；庖吖渤恋?span> (acetylated RNA Immunoprecipitation，acRIP)技術(shù)：基于抗體特異性結(jié)合乙?；揎棄A基原理，以RNA免疫共沉淀富集乙?；揎椘螢榛A(chǔ)，然后通過高通量測序（acRIP-seq），在轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究發(fā)生乙?；?span>RNA區(qū)域，高效獲得結(jié)果。
易基因提供適用于不同科研需求的acRIP -seq技術(shù)：
? ac4C 乙酰化-常量mRNA acRIP -seq
? ac4C 乙?；?span>-常量mRNA +lncRNA acRIP -seq
? ac4C 乙?；?span>-微量mRNA +lncRNA acRIP -seq
實驗原理：
首先通過poly(A)捕獲RNA，將獲得的RNA打成100nt左右的小片段；之后使用ac4C特異性抗體進(jìn)行免疫共沉淀，含有ac4C修飾的RNA片段被富集并回收；進(jìn)而對回收的RNA進(jìn)行文庫構(gòu)建、高通量測序和生物信息學(xué)分析，通過peak分析鑒定出ac4C修飾的位點(diǎn)。
實驗策略：
材料選取 → RNA提取→RNA片段化→抗體富集→反轉(zhuǎn)錄得cDNA文庫→接頭連接
→PCR擴(kuò)增→文庫制備→上機(jī)測序
分析內(nèi)容：
acRIP-seq分析內(nèi)容 | |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 質(zhì)控及及評估： 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)控 2、 比對統(tǒng)計 3、 插入片段長度統(tǒng)計 4、 全基因組覆蓋度統(tǒng)計 5、 樣本飽和度曲線 |
ac4C 富集區(qū)域（peak）的鑒定及統(tǒng)計： 1、 ac4C富集區(qū)域（peak）的鑒定與注釋 2、 ac4C富集區(qū)域的基本統(tǒng)計 3、 ac4C 富集區(qū)域在染色體上的分布 4、 ac4C 富集區(qū)域在基因元件上的分布 5、 ac4C 富集區(qū)域關(guān)聯(lián)基因的功能富集分析 6、 ac4C 富集區(qū)域在基因元件上的分布密度 7、 ac4C 修飾區(qū)域的motif鑒定 8、 特定基因峰圖展示 | |
差異ac4C 修飾的鑒定及統(tǒng)計： 1、 組內(nèi)樣本peak重疊情況分析 2、 組內(nèi)樣本peak關(guān)聯(lián)基因的重疊情況分析 3、 差異ac4C 修飾的鑒定與注釋 4、 差異ac4C 修飾的基本統(tǒng)計 5、 差異ac4C 修飾在染色體上的分布 6、 差異ac4C 修飾在基因元件上的分布 7、 差異ac4C 修飾關(guān)聯(lián)基因的富集分析 8、 差異ac4C 修飾在基因元件上的分布密度 9、 差異ac4C 修飾區(qū)域的motif鑒定 | |
表達(dá)水平分析： 1、 lncRNA鑒定 2、 circRNA鑒定 3、 基因表達(dá)水平分析 4、 基因表達(dá)水平密度分析 5、 基于表達(dá)譜的聚類分析 6、 基于表達(dá)譜的主成分分析 7、 基于表達(dá)譜的相關(guān)性分析 | |
差異表達(dá)基因鑒定及富集分析： 1、 差異表達(dá)基因鑒定 2、 差異基因功能富集分析 | |
差異ac4C 修飾及差異基因關(guān)聯(lián)分析 | |
注：個性化分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術(shù)支持 | |
送樣要求：
送樣要求 | 項目周期 |
? 樣本類型：去蛋白并進(jìn)行DNase處理后的完整總RNA樣本 ? 樣本總量：≥10μg ? 樣本濃度：建議≥250 ng/μL ? 樣本完整度：RIN ≥ 7，Ratio 28S/18S ≥ 0.7；某些來源樣本（如體液樣本，昆蟲樣本，水生生物樣本等）無RIN和Ratio28S/18S要求 | 20個樣本以下標(biāo)準(zhǔn)流程的運(yùn)轉(zhuǎn)周期約為36個工作日。遇到樣本數(shù)目較多時，項目周期需要與技術(shù)支持人員確定。 |
典型案例
mRNA中胞嘧啶核苷乙?；商岣叻g效率
Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency
期刊：Cell IF：45.5
N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）是一種由乙酰轉(zhuǎn)移酶NAT10催化的mRNA修飾。本研究通過對WT和下調(diào)NAT10的Hela細(xì)胞進(jìn)行acRIP-seq和mRNA-seq，揭示了ac4C在編碼序列中的特異性乙?；瘏^(qū)域富集。NAT10敲除導(dǎo)致在比對mRNA位點(diǎn)的ac4C檢測減少，并與靶向mRNA整體下調(diào)相關(guān)。對mRNA半衰期分析顯示，乙酰化mRNA穩(wěn)定性依賴于NAT10。進(jìn)一步實驗表明，mRNA乙?；隗w內(nèi)外增強(qiáng)底物翻譯。在ac4C peaks的密碼子含量分析揭示了在動態(tài)位點(diǎn)中胞嘧啶的偏倚表達(dá)，從而影響mRNA解碼效率。這些發(fā)現(xiàn)擴(kuò)展了mRNA修飾范圍（包括乙?；瘹埢㈥U明了ac4C在mRNA翻譯調(diào)控中的作用。
acRIP-seq繪制mRNA ac4C圖譜
參考文獻(xiàn)：
①Arango D, et al. Immunoprecipitation and Sequencing of Acetylated RNA. Bio Protoc. 2019 Jun 20;9(12):e3278. pii: e3278. doi: 10.21769/BioProtoc.3278. PubMed PMID: 33654795.
② Arango D, et al. Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency. Cell. 2018 Dec 13;175(7):1872-1886.e24. pii: S0092-8674(18)31383-7. doi: 10.1016/j.cell.2018.10.030. PubMed PMID: 30449621
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