化工儀器網手機版
移動端訪問更便捷
今日焦點 Today's Focus
查看更多+-
生態(tài)環(huán)境部發(fā)文規(guī)范生態(tài)環(huán)境行政檢查
近日，生態(tài)環(huán)境部發(fā)布《關于嚴格規(guī)范生態(tài)環(huán)境行[詳細]
熱門視頻 Popular videoS
查看更多+
專題
專題
最新產品 Latest productS
查看更多+
中國科大在評估染色體外環(huán)狀DNA檢測方法取得進展
2024年11月04日 15:08:17
來源：化工儀器網 作者：宋池 點擊量：4869
近日，中國科學技術大學研究團隊系統性地評估了7種用于在測序數據中鑒定染色體外環(huán)狀DNA（eccDNA）的分析算法及7種不同實驗建庫方法的性能和差異，為eccDNA的深入研究提供了重要參考。
【化工儀器網 項目成果】近日，中國科學技術大學生命科學與醫(yī)學部瞿昆教授課題組在《自然·通訊》期刊上發(fā)表了一篇題為“Comparative analysis of methodologies for detecting extrachromosomal circular DNA”的研究文章。該研究系統性地評估了7種用于在測序數據中鑒定染色體外環(huán)狀DNA(eccDNA)的分析算法及7種不同實驗建庫方法的性能和差異，為eccDNA的深入研究提供了重要參考。
eccDNA作為一種在真核細胞內廣泛存在的環(huán)狀DNA分子，在腫瘤研究中扮演著重要角色。在腫瘤細胞中，eccDNA不僅參與癌基因的擴增，還涉及基因轉錄調控和腫瘤異質性，從而推動腫瘤的發(fā)生和發(fā)展。因此，對eccDNA的深入研究有望為腫瘤發(fā)病機制的理解提供新的視角，并為靶向藥物的開發(fā)開辟新的方向。
然而，目前用于eccDNA鑒定的測序建庫方法和生物信息學算法種類繁多，且由于eccDNA片段的大小多樣且來源復雜，不同方法間的實驗結果存在較大差異。這種差異給研究人員在選擇最適分析算法和實驗方法時帶來了挑戰(zhàn)。此外，現有的評估方法往往只關注準確性或計算需求等單一因素，且基于過于簡化的模擬數據，難以真實反映測序數據的復雜性。
針對這一問題，瞿昆教授課題組的研究團隊對多種eccDNA檢測方法和實驗建庫方法進行了系統評估。研究結果表明，在短讀長測序數據中，Circle-Map和Circle_finder算法在檢測eccDNA方面具有較高的效率。然而，Circle_finder算法存在一定的局限性，容易生成冗余結果。而在長度較長的測序數據中，特別是測序深度超過10X時，CReSIL算法的表現最佳。
在實驗方法方面，Circle-Seq-LR特別適用于檢測長度超過10 kb且具有拷貝數擴增的eccDNA(也稱ecDNA)，這類eccDNA與腫瘤進展密切相關。此外，研究還發(fā)現，不同實驗方法檢測到的eccDNA在長度、癌基因組成和基因重復元件的包含等方面展現出顯著的異質性。
為了幫助研究人員根據自身數據特點選擇最優(yōu)的分析流程，該研究團隊在GitHub上提供了完整的分析流程、代碼和模擬數據集。這一舉措不僅為進一步提升eccDNA檢測方法奠定了參考基礎，還有望推動eccDNA研究領域的快速發(fā)展。
此次研究的發(fā)表標志著中國科學技術大學在eccDNA研究領域取得了重要進展，也為國內外同行提供了寶貴的參考和借鑒。未來，該團隊將繼續(xù)致力于eccDNA的深入研究，為推動腫瘤發(fā)病機制的理解和靶向藥物的開發(fā)做出更多貢獻。
【素材來源：中國科學技術大學】
相關閱讀 Related Reading
查看更多+-
沃特世與BD達成 175 億美元交易，打造生命科學與診斷行業(yè)領導者
沃特世以175億美元收購BD生命科學部門，預計合并后公司2025年營收將達到65億美元。2025-07-15 14:15:48 -
項目名稱：上海臨床研究中心全自動腫瘤細胞分析系統,項目編號：1825-254A20251547,招標范圍：全自動腫瘤細胞分析系統，...2025-07-15 10:19:21
-
預算554萬 中國中醫(yī)科學院中藥研究所采購實驗室設備
近日，中國中醫(yī)科學院中藥研究所就“全國重點實驗室中藥材生態(tài)種植與品質提升研究平臺”項目發(fā)布公開招標公告，預算金額為554.59萬元...2025-07-15 09:25:53 -
近日，西南林業(yè)大學委托云南云創(chuàng)招標有限公司，就“西南林業(yè)大學林學院一流學科專業(yè)建設(新增儀器設備采購)(一)”進行公開招標，項目編...2025-07-10 17:41:56
-
近日，昆明市延安醫(yī)院就“2025年昆明市延安醫(yī)院檢驗科設備采購項目（二次）”發(fā)布公開招標公告，預算金額為484.8萬元。2025-07-10 17:17:08
-
項目名稱：納米材料微量熱泳動分子互作分析系統，項目編號：0613-254124102839，招標范圍：納米材料微量熱泳動分子互作分...2025-07-10 14:15:16
版權與免責聲明
- ①凡本網注明“來源：化工儀器網”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網絡有限公司-化工儀器網合法擁有版權或有權使用的作品，未經本網授權不得轉載、摘編或利用其他方式使用上述作品。已經本網授權使用作品的，應在授權范圍內使用，并注明“來源：化工儀器網”。違反上述聲明者，本網將追究其相關法律責任。
- ②本網轉載并注明自其他來源（非化工儀器網）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網贊同其觀點和對其真實性負責，不承擔此類作品侵權行為的直接責任及連帶責任。其他媒體、網站或個人從本網轉載時，必須保留本網注明的作品第一來源，并自負版權等法律責任。
- ③如涉及作品內容、版權等問題，請在作品發(fā)表之日起一周內與本網聯系，否則視為放棄相關權利。
