99超碰中文字幕在线观看-天天干天天日天天舔婷婷-我看操逼的好看的女人的-日本一二三四五区日韩精品


化工儀器網(wǎng)首頁(yè)>資訊中心>項(xiàng)目成果>正文

我國(guó)科研人員建立基于納米孔測(cè)序的環(huán)形RNA識(shí)別和重建新技術(shù)
2021年03月18日 13:08:52 來(lái)源：生命科學(xué)部 點(diǎn)擊量：8938

環(huán)形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的、具有特殊環(huán)狀結(jié)構(gòu)的RNA分子。近期多個(gè)研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)形RNA不僅發(fā)揮miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等生物學(xué)功能，而且通過(guò)結(jié)合蛋白分子，參與天然免疫等生理過(guò)程發(fā)揮重要功能。而確定環(huán)形RNA的全長(zhǎng)序列，是進(jìn)行環(huán)形RNA功能研究的重要基礎(chǔ)。目前的研究方法對(duì)于環(huán)形RNA結(jié)構(gòu)的識(shí)別能力主要被二代測(cè)序的讀長(zhǎng)所限制，對(duì)于長(zhǎng)度較長(zhǎng)(>500bp)的環(huán)形RNA分子

【化工儀器網(wǎng) 項(xiàng)目成果】在國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(批準(zhǔn)號(hào)：32025009、91940306、31722031)等資助下，中國(guó)科學(xué)院北京生命科學(xué)研究院趙方慶研究員團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一種高效測(cè)定分析環(huán)形RNA的方法,相關(guān)成果以“利用納米孔測(cè)序和CIRI-long技術(shù)對(duì)環(huán)狀RNA進(jìn)行綜合分析(Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long)”為題，于2021年3月11日以長(zhǎng)文形式在《自然 生物技術(shù)》(Nature Biotechnology)上在線發(fā)表。
 
　　環(huán)形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的、具有特殊環(huán)狀結(jié)構(gòu)的RNA分子。近期多個(gè)研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)形RNA不僅發(fā)揮miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等生物學(xué)功能，而且通過(guò)結(jié)合蛋白分子，參與天然免疫等生理過(guò)程發(fā)揮重要功能。而確定環(huán)形RNA的全長(zhǎng)序列，是進(jìn)行環(huán)形RNA功能研究的重要基礎(chǔ)。目前的研究方法對(duì)于環(huán)形RNA結(jié)構(gòu)的識(shí)別能力主要被二代測(cè)序的讀長(zhǎng)所限制，對(duì)于長(zhǎng)度較長(zhǎng)(>500bp)的環(huán)形RNA分子，仍然缺少有效的全長(zhǎng)重構(gòu)手段。
 
　　趙方慶團(tuán)隊(duì)首先測(cè)試了不同實(shí)驗(yàn)條件對(duì)環(huán)形RNA的富集效果，進(jìn)而對(duì)環(huán)形RNA建庫(kù)流程進(jìn)行優(yōu)化，并通過(guò)使用poly(A) tailing提升RNase R對(duì)環(huán)形RNA的富集效率。后應(yīng)用納米孔測(cè)序技術(shù)，實(shí)現(xiàn)了對(duì)目標(biāo)環(huán)形RNA的全長(zhǎng)序列進(jìn)行直接測(cè)定。基于上述實(shí)驗(yàn)流程，趙方慶團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步開(kāi)發(fā)了用于識(shí)別納米孔測(cè)序數(shù)據(jù)中環(huán)形RNA序列的CIRI-long算法。CIRI-long將一致性序列比對(duì)到參考基因組，對(duì)其中的反向剪接位點(diǎn)和內(nèi)部結(jié)構(gòu)進(jìn)行識(shí)別，并基于基因注釋和剪接信號(hào)信息，提供單一樣本內(nèi)和多樣本間結(jié)果的整合與校正方法(圖1)，從而實(shí)現(xiàn)環(huán)形RNA的準(zhǔn)確識(shí)別和全長(zhǎng)重構(gòu)。
 
　　與傳統(tǒng)的二代測(cè)序方法相比，CIRI-long方法大幅提升了環(huán)形RNA全長(zhǎng)重構(gòu)能力，并可實(shí)現(xiàn)與二代測(cè)序相近的分析成本。同時(shí)，CIRI-long提供了樣本間整合分析的工具，并針對(duì)納米孔測(cè)序的高錯(cuò)誤率建立了有效校正方法，為環(huán)形RNA的功能研究提供了重要的方法學(xué)工具，具有很高的應(yīng)用價(jià)值。
 
圖1：  環(huán)形RNA全長(zhǎng)重構(gòu)的實(shí)驗(yàn)與計(jì)算流程
關(guān)鍵詞

相關(guān)閱讀 Related Reading

查看更多+

版權(quán)與免責(zé)聲明

  • ①凡本網(wǎng)注明“來(lái)源：化工儀器網(wǎng)”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品，未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其他方式使用上述作品。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的，應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用，并注明“來(lái)源：化工儀器網(wǎng)”。違反上述聲明者，本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任。
  • ②本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來(lái)源（非化工儀器網(wǎng)）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網(wǎng)贊同其觀點(diǎn)和對(duì)其真實(shí)性負(fù)責(zé)，不承擔(dān)此類作品侵權(quán)行為的直接責(zé)任及連帶責(zé)任。其他媒體、網(wǎng)站或個(gè)人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時(shí)，必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來(lái)源，并自負(fù)版權(quán)等法律責(zé)任。
  • ③如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問(wèn)題，請(qǐng)?jiān)谧髌钒l(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系，否則視為放棄相關(guān)權(quán)利。
瑞昌市| 富锦市| 怀集县| 手机| 乐亭县| 左贡县| 松滋市| 长子县| 达孜县| 浦东新区| 白河县| 张家港市| 镇坪县| 沙雅县| 凤山县| 乐都县| 屯留县| 滦南县| 高清| 林口县| 六安市| 汤原县| 抚松县| 高碑店市| 罗田县| 苍梧县| 荥阳市| 汶上县| 宜城市| 四平市| 赤水市| 宁津县| 皋兰县| 新密市| 三江| 全南县| 彭州市| 准格尔旗| 柳江县| 时尚| 额济纳旗|